在以往的基层登记注册实践中，公司申请办理各项变更登记时，工商部门通常都把原营业执照正副本列为必须提交的申请材料之一，绝大多数公司也都认可和接受了这一做法，从而有效地加大了对失效或即将失效的营业执照的管理力度。应该说，这一做法符合原《公司登记管理条例》（下称原《条例》）第24条1款3项“公司登记机关要求提交的其他文件”的规定。但修订后的《公司登记管理条例》（下称新《条例》）为防止出现不同登记机关要求公司申请变更登记提交的其他材料不同的问题，将“公司登记机关要求提交的其他文件”修改为“国家工商行政管理总局规定的其他文件”。基于这一修改，已有少数申请办理变更登记、且无法提交营业执照正副本的公司开始对工商部门这一通常做法提出质疑，由此引发行政诉讼的可能性也在不断加大，而一旦进入诉讼程序，登记机关这一传统做法将因《条例》的修改而失去法律依据，并极有可能会承担不利的法律后果。
　　根据新《条例》第27条第1款规定，公司申请变更登记，必须向公司登记机关提交3种法定材料：（1）公司法定代表人签署的变更登记申请书；（2）依照《公司法》作出的变更决议或者决定；（3）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。由此可见，目前正在适用的新《条例》并没有把营业执照正副本列为公司申请变更登记必须提交的法定材料。此外，新《条例》第64条第3款的规定，也从逻辑上论证了营业执照正副本不是公司申请变更登记必须提交的材料。该款规定：“公司登记机关依法作出变更登记、注销登记、撤销变更登记决定，公司拒不缴回或者无法缴回营业执照的，由公司登记机关公告营业执照作废。”即从时间顺序上看，是公司登记机关先作出变更登记决定，然后由公司缴回原营业执照正副本。《企业登记程序规定》第16条则进一步明确：“……（登记机关）作出准予企业变更登记的，应当出具《准予变更登记通知书》，告知申请人自决定之日起十日内，换发营业执照……”也就是说，登记机关在作出准予变更登记的决定后，要通知申请人在10日内用原营业执照正副本换取新营业执照正副本。
　　那么，不少地方工商部门在登记实践中，依然把营业执照正副本作为公司（或其他企业）申请变更登记必须提交的材料之一有没有法律依据呢？答案是否定的。根据新《条例》第27条第1款规定，公司申请变更登记时要求提交的其他文件必须由国家工商行政管理总局规定。这就是说，地方各级工商行政管理机关无权规定公司办理变更登记应该提交什么样的的材料。《企业登记程序规定》第7条规定：“申请人应当按照国家工商行政管理总局制定的申请书格式文本提交申请，并按照企业登记法律、行政法规和国家工商行政管理总局规章的规定提交有关材料”，这就明确无误地表明，其他应该提交的材料必须是企业登记法律、行政法规和国家总局规章规定的材料。而国家工商行政管理总局企业注册局于2004年9月编写的《企业登记指南》一书，规定公司办理各项变更登时，就营业执照而言，仅需要提交营业执照副本复印件。综上所述，在新《条例》施行后，地方各级工商部门仍然规定营业执照正副本为公司（含其他企业）申请变更登记时必须提交的材料之一已无法律效力。